氣調冷藏集裝箱具有一般機械式冷藏集裝箱的所有制冷功能，同時裝有一種氣調設備，可以調節和控制箱體內的空氣成分，以減弱新鮮果蔬的呼吸強度，從而減緩果蔬的成熟進度，達到保鮮的目的。
氣調保鮮的關鍵是調節和控制貨物儲存環境中的各種氣體的含量。*常見的是用充氮降氧方法來降低環境中的氧氣含量，控制乙烯含量，減緩果蔬成熟。氣調冷藏集裝箱的氣密性要求較高，一般要求漏氣率不超過2m3/h。采用氣調冷藏集裝箱運輸具有保鮮效果好、儲藏損失少、保鮮期長和對果蔬無任何污染的優點。但由于采用氣調設備后，技術要求高，冷藏集裝箱價格高，因此使用還不普遍。
其他冷藏集裝箱：此外，有一種低壓冷藏集裝箱與氣調冷藏集裝箱類似，這種集裝箱是將果蔬置于低壓環境中進行儲運。箱內壓力為1333～10666 Pa，相對濕度90%～95%，溫度一2℃～+16℃。氧的含量為（0.1±0.03）%，要進行換氣，以便限制乙烯和 等有害氣體。低壓冷藏集裝箱由制冷系統、真空系統和動力系統組成。制冷系統用于降低溫度；真空系統用于排除箱中的空氣和水汽；動力系統用于柴油發電，供集裝箱用電。
另外一種是夾套冷藏集裝箱，這種冷藏集裝箱的特點是沿著箱壁有一個供冷空氣循環的通道——夾套。這種冷藏集裝箱的優點是貨物的裝載不影響空氣的循環，因而不影響溫度的分布；其次，夾套空間的全部容積都用于裝載貨物，這一點對裝運低密度的貨物是非常有利的。這種集裝箱不能裝有呼吸的貨物，一般用來裝運凍結貨物。
